# Bevezeto duma:
# R kicsoda
# mire jo:
#    - statisztikai tesztek (klasszikus es modern)
#    - matematikai feladatok megoldasa (pl. diffegyenlet numerikus megoldasa)
#    - tablazatos adatok belolvasasa, manipulalasa
#    - abrarajzolas

# Kategorikus fuggetlen valtozok (faktorok)
# Pl.: halal idopontja, annak fuggvenyeben, hogy dohanyzik-e az illeto.
# (Nem valos adatok.)
y = c(rnorm(20, sd=.5)+65, rnorm(20, sd=.8)+70)
x = gl(2, 20, labels=c("Dohanyos","Nem dohanyos"))
plot(y, col=ifelse(x=="Dohanyos","red","blue"), xlab="Adatpontok indexe",
     ylab="Halal idopontja")
plot(y~x, notch=T, xlab="Dohanyzas",
     ylab="Halal idopontja")
barplot(c(mean(y[x=="Dohanyos"]), mean(y[x=="Nem dohanyos"])),
        xlab="Dohanyzas", ylab="Varhato elettartam",
        names=levels(x))

# Ezen a ponton nézzük meg a nyelv alapvető elemeit!
# (A teljesség igénye nélkül.)
# Vektor (a szam mind vektor)
numVector = 1
numVector = 1:12
numMatrix = matrix(data=numVector, nrow=3)
dim(numVector) = c(3,4)

# Vektorelemeknek ill. tomb dimenzióinak nevet is lehet adni
numVector = 1:12
names(numVector)
names(numVector) = c(paste(1:12, ".", sep=""))
dim(numVector) = c(3,4)
names(numVector)
dimnames(numVector)
dimnames(numVector)[[1]] = c(paste(1:dim(numVector)[1], ". sor", sep=""))
dimnames(numVector)[[2]] = c(paste(1:dim(numVector)[2], ". oszlop", sep=""))

# Stringekbol is lehet vektort csinálni ("character" a tipus neve)
strVector = c("Elso", "Masodik", "Harmadik", "Negyedik")
dim(strVector) = c(2, 2)

# Matrix sorai es oszlopai:
strVector
strVector[1,] # elso sora
strVector[,2] # masodik oszlopa

# Vektor indexalasa
numVector = 2*1:12
numVector
numVector[2]
numVector[2:5]
numVector[c(2, 4, 8)]

# Logikai tipus
myBools = c(T, F, T, F)
typeof(myBools)
# Indexalas logikai valtozokkal
numVector[myBools] # ! Ismetli a vektort, ha nem pont a megfelelo hosszu!
numVector[numVector%%3==0]  # !!
# Ugyanis:
numVector%%3==0

# Linearis illesztes
x = 0:100
# linearis fuggveny, random hibaval
y = -8+5*x + 100*runif(length(x))
plot(y~x)
abline(lm(y~x)) # lm a linearis illesztes

# Nemlinearis illesztes, ismert a strukturalis modell
x = 0:100
# Nemlinearis fuggveny, random hibaval
y = 11.8*x*exp(-0.03*x) + runif(length(x), min=-15.0, max=15.0)
plot(y~x)
# Itt tortenik az illesztes
model = nls(y~a*x*exp(-b*x),start=list(a=9.0, b=0.05))
lines(x, predict(model, list(x=x)))

# Nemlinearis illesztes, nincs ismert strukturalis modell
# "Regebbi, rosszabb"
lines(lowess(x, y), col="red")

# "Ujabb, jobb"
modelLoess = loess(y~x)
lines(x, predict(modelLoess, data.frame(x=x)), col="blue")

install.packages("deSolve")
library("deSolve")

# deSolve::ode : differencialegyenletek megoldasa
diffEq = function(t, state, params) {
  with(as.list(c(state, params)), {
    dA1 = -k12*A1 + k21*A2
    dA2 = k12*A1 - k21*A2 - k20*A2 
    list(c(dA1, dA2))
  }) # end of with(as.list...
}

state = c(A1=15, A2=0)
params = list(k12=0.5, k21=0.03, k20=0.2)
times = seq(0, 10, 0.1)

odeOutput = ode(y=state, times=times, func=diffEq, parms=params)
plot(odeOutput[,1], odeOutput[,2], type="l", xlab="Ido", ylab="Anyagmennyiseg")
lines(odeOutput[,1], odeOutput[,3], col="blue")

# Na, akkor beszeljunk megint a nyelvrol!
# Lista
# Akarhany, akarmilyen tipusu dolog lehet benne
myList = list(1, "Pityu", c(1, 2, 3, 4), matrix(data=c(1, 2, 3, 4), nr=2))
# Nevesiteni is lehet az elemeit
myOtherList = list(el1=1, el2="Pityu", el3=c(1, 2, 3, 4), el4=matrix(data=c(1, 2, 3, 4), nr=2))
# Utolag is lehet nekik nevet adni
names(myList) = c(paste("e", 1:length(myList), sep=""))
# Elemekre valo hivatkozas: nevvel v. indexxel
myList$e1
myList[1]
myList[[1]]
# Mivel nem erosen tipizalt a nyelv, ossze lehet kavarodni, nezzuk, ki milyen tipusu:
typeof(myList)
typeof(myList$e1)
typeof(myList[1])
typeof(myList[[1]])
typeof(myList[[2]])
typeof(myList[[3]])
typeof(myList[[4]])

# Erre csak akkor terjunk ki, ha kerdes van
l1 = list(a1=3, a2=8)
l2 = list(a2=4)
listVector = c(l1, l2)

# Fuggveny
myFun = function(par1, par2) {
  par1+par2^2
}
myFun(4)
myFun(4, 3)
myFun(par2=2, 4)

myFunWithDefault = function(par1, par2=2) {
  par1+par2^2
}
myFunWithDefault(4)
myFunWithDefault(4, 3)

myFunWithDots = function(par1, ...) {
  data = list(...)
  par1+length(data)
}
myFunWithDots(3)
myFunWithDots(3, 2, 1)
myFunWithDots(3, c(2, 1))
# pelda: paste

# Ha kerdes van: 'with'
paramList = list(par1 = 3, par2 = 4)
myFunWithoutWith = function(parList) {
  parList$par1+parList$par2
}
myFunWithoutWith(paramList)

# A nehezkes hivatkozas nelkul: nem jo
myFunWithoutWith = function(parList) {
  par1+par2
}
myFunWithoutWith(paramList)

# A 'with' leszedi a nehezkes hivatkozast
myFunWithWith = function(parList) {
  with(parList, par1+par2)
}
myFunWithWith(paramList)

# Elagazas, ciklus
# if, if-else, ifelse
# for, while, repeat (break)

x = 1:10
for (i in 1:length(x)) {
  if (x[i]%%2==0) {
    print(paste(x[i], "paros"))
  }
  else {
    print(paste(x[i], "paratlan"))
  }
}

print(ifelse(x%%2, "paros", "paratlan"))
print(paste(x, ifelse(x%%2, "paros", "paratlan")))

# data.frame (aki egy lista)
# Valojaban read.csv-vel vagy read.table-lel beolvassa az ember.
ids = sample(1:40)
y = c(rnorm(20, sd=.5)+65, rnorm(20, sd=.8)+70)
x = gl(2, 20, labels=c("Dohanyos","Nem dohanyos"))
doh = data.frame(ID=ids, Smoke=x, Death=y)
doh[order(doh$ID),]
doh[order(doh$Smoke,doh$ID),]
subset(doh, Smoke=="Dohanyos")
doh[doh$Smoke=="Dohanyos",]
subset(doh, Smoke=="Dohanyos", select=c("ID","Death"))
Gender = sample(gl(2, 20, labels=c("Ferfi", "No")))
doh1 = cbind(doh, Gender)

library("lattice")

with(doh1, bwplot(Death~Smoke|Gender))

# Hasznos dolgok (igy a vegere)
?paste   # man-lap
??par    # help search
demo(graphics)
demo(persp)
example(lm)
objects(grep("stat", search())) # pl. stat package osszes fuggvenye: akkor jo,
# ha tudod, hogy kell lenni valaminek, ami azt csinalja, amire gondolsz, de nem
# tudod, hogy mi a neve
rm(list=ls()) # Kipucolja a telepiszkitott workspace-t